Estos jutsus secretos consisten en el asesinato, y muy pocas personas son capaces de llegar a aprender este tipo de Ninjutsu pues solo es dado de generación en generación, ademas el ambiente en que se vive en Mizu no Kuni es perfecto para el uso de las técnicas.
Técnicas
El Jutsu: Ocultación en la Niebla (霧隠れの術, Kirigakure no Jutsu): es un jutsu que utilizan principalmente los ninjas de Kirigakure. Que consiste en tratar de crear una espesa neblina de la cual el espesor dependerá de la cantidad de chakra que se utilice. Este Ninjutsu es muy peligroso ya que puede anular los sentidos de la vista y olfato a excepción de las personas que tienen sentidos más desarrollados, como los poseedores del Sharingan y del Byakugan. Cabe destacar que solo usuarios que hayan luchado anteriormente con alguien que use dicha técnica podrán estar "acostumbrados" al uso de la misma contra ellos, un ejemplo seria Kakashi Hatake, esto quiere decir que si usuarios del Sharingan o Byakugan nunca han luchado contra alguien con Kirigakure no Jutsu, no van a ver nada.
El Asesinato Silencioso (無声殺人術, Sairento Kiringu): como su nombre indica, es una técnica que simplemente emplea un método silencioso de matar a un oponente, por lo general por detrás y con un cuchillo. Además, porque el usuario debe ser muy silencioso, el oponente no debiera escuchar nada amenazante. El usuario a menudo degolla su oponente, evitando cualquier grito que este pudiera lanzar
El Jutsu Secreto: Lluvia Densa (秘術・霧雨, Hijutsu: Kirisame): es un jutsu utilizado por las Fuerzas Especiales ANBU de Kirigakure. El usuario crea una lluvia que disuelve el chakra cuando entra en contacto con un chakra distinto del suyo. Mientras esté activo este jutsu, el rival no podrá usar su chakra para ejecutar sus técnicas.